Skeletonwitch est formé en 2003 à Athens, dans l'Ohio, lorsque le guitariste Hedrick reçoit une démo de Serkesoron, ancien groupe de Nate Garnette, alors qu'ils étaient étudiant à l'Université de l'Ohio. Skeletonwitch publie son premier album, At One with the Shadows, le 11 août 2004 au label Shredded Records. Après avoir formé le groupe, ils cherchent un chanteur et recrutent le frère aîné de Nate, Chance Garnette. Après leur signature au label Prosthetic, Skeletonwitch publie Beyond the Permafrost le octobre 2007. En 2008, Skeletonwitch participe à la tournée Blackest of the Black de Danzig.