Burnt by the Sun s'est formé en novembre 1999 par l'ancien batteur de Human-Remains Dave Witte et le guitariste John Adubato. L'ancien chanteur de For the Love of... Mike Olender et le bassiste Ted Patterson se sont joints peu de temps après. Un split EP avec The Luddite Clone sur Ferret Records les a attiré l'attention de Relapse Records, spécialisé dans le métal. Impressionné par la vision inventive et souvent humoristique du groupe sur le genre metalcore, Relapse a rapidement signé le groupe et a sorti un EP éponyme. Leur premier album, Soundtrack to the Personal Revolution (avec le deuxième guitariste Chris Rascio), est sorti le 22 janvier 2002, suivi de The Perfect Is The Enemy Of The Good, sorti le 7 octobre 2003.